目前儿童多动症的治疗仅用行为疗法效果一般，因此很多患儿都采用了药物治疗。值得注意的不论是多么特效的药物，也存在有一些不良反应，因此在多动症患儿服用药物治疗时家长应多加注意，以免对孩子造成影响。
食欲下降
主要出现在早上或中午，多数儿童在傍晚食欲恢复。
每天应给服药的孩子提供丰富足量的食物，特别是在食欲好时（如晚餐）补充生长发育所需的营养。也可用一些增进食欲的酶类或中药制剂和早餐一起服用或饭后服药，以减轻食欲下降的副作用，但疗效也可能稍有下降。
心率和血压增加
在服药的过程中，孩子的心率和血压可能会有轻度增加，然而这些改变是轻微的，对大多数孩子不会造成任何危险。如果孩子已患有高血压，或有高血压的家族史，应告诉医生，以便在调整药物剂量时适当监测。
失眠
有些儿童服药后晚上入睡时间比平常晚，特别是服药时间晚或下午服药的孩子。如果出现严重的入睡困难，应告诉医生调整药物剂量或服药时间，或合用一些改善睡眠的药物。
神经性抽动
表现为不自主的眨眼、皱眉、耸鼻子等，或短促的出声。多出现在以前曾有抽动或有抽动家族史的患儿服用哌甲酯制剂时。
困倦
服用托莫西汀的孩子在刚开始服药或增加剂量时可能会感觉困倦，通常1-2周会自然减轻。
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