生殖器疱疹的诊断主要是根据病史，如不洁性接触史、性伴侣感染史等，另外还要进行相应的实验室检查，常用的检查方法有以下4种：
1、抗体检查法
抗体检查法是生殖器疱疹最常用的检查方法，检查抗体的方法常用蛋白印迹法，具有敏感性高、能区分单纯疱疹病毒的血清型的优点。
2、细胞学检查
细胞学检查法也是生殖器疱疹常用的检查方法，此法的敏感性不及抗体检查法。操作时从皮损疱底或溃疡面刮取少量组织作染色涂片，可检出单纯疱疹病毒感染后特有的多核巨细胞内的嗜酸性包涵体。需要注意的还要结合临床表现和其他检查排除水痘-带状疱疹病毒感染。
3、抗原检查法
抗原检查法是用聚合酶链反应检测皮损处单纯疱疹病毒的DNA，该法的优点是敏感性和特异性高，能大大提高生殖器溃疡患者中单纯疱疹病毒感染的能力，缺点是费用昂贵，且受操作技术和实验室条件及设备的影响，应用范围受限。
4、细胞培养法
细胞培养法是从皮损处取材做组织培养分离病毒，是诊断生殖器疱疹最敏感、最特异的方法，但组织培养技术条件要求高，且需要5～10天的时间，对人力、物力的消耗比较大，对于患者来说，费用昂贵，因此，目前尚未广泛推广使用。
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