灰指甲是由致病真菌感染甲板引起甲的变色、变形、增厚、表面失去光泽等病变，在使用外用抗真菌药膏治疗时，如果不先进行专业的修甲，将甲泡软削薄，药膏很难渗入病灶，难以彻底杀死深层致病真菌。
如果使用口服抗真菌药物治疗灰指甲，则不受指甲状态的限制，口服抗真菌药物可以通过血液进入甲床，直接对深层真菌发生抗菌作用。
抗真菌药物副作用较大，长期服用可能导致严重的肝、肾功能损害。专家建议如果青壮年患有单纯手部的灰指甲或足部轻中度的灰指甲，可以应用抗真菌药物大剂量短期冲击治疗。
短期冲击疗法可使用特比萘芬每日0.25克，连续服用4~9周，或伊曲康唑0.4克，每月连用七天，共2个冲击疗程的短期方案。对于足部中重度患者，可将特比萘芬疗程延长至9~12周，伊曲康唑冲击疗程增加到3~4个。这两种药物均有很好的延续疗效，停药后3~9个月仍能在人体发挥一定抑制真菌的作用。因此，在疗程结束后仍未长出新甲并不意味着治疗失败，需要耐心等待，继续观察数月。氟康唑治疗灰指甲可每周服用一次，每次口服0.15克，连续12~18周。
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