甲的颜色异常是灰指甲的一个重要临床表现，灰指甲患者甲可出现黄色、白色、黄绿色、淡绿色、棕绿色、浅灰绿色、棕色、灰色、黑色等颜色，根据甲呈现的颜色改变可以基本判断甲感染的真菌菌种。
皮肤癣菌常会感染甲板，导致灰指甲的甲板呈黄色，非皮肤癣菌的霉菌也会出现类似的颜色改变。白色表浅型甲真菌病会出现典型的甲板局限性浅表白斑，常可培养出石膏样毛癣菌。当酵母菌侵犯甲时，引起甲颜色呈棕绿色改变；尖镰刀菌、着色芽生菌、链格孢子菌属可使甲板产生黑色；念珠菌感染会使甲变成淡绿色，并可出现明显的甲营养不良。
灰指甲患者甲的颜色改变不单是由甲真菌感染而来，继发细菌感染也是甲颜色改变的原因，当灰指甲在发展过程中变成棕色、绿色或灰色常提示继发细菌感染继发奇异变形杆菌感染使甲板变成黑色；继发绿脓杆菌感染时甲可变为黄绿色、棕绿色、黑绿色或浅灰绿色。
甲的颜色改变可能是由于甲真菌或继发感染的细菌在甲板中生长繁殖产生颜色物质，或是甲沟组织由于病甲的刺激而产生色素弥散到甲板中。具体原因尚不清楚。
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