系统性红斑狼疮的病理变化可分为两类，一类是基本组织病理变化，另一类是受损器官的特征性病理改变，通过这两类病理改变，可以进一步确诊红斑狼疮。
基本组织病理变化，主要有3个方面：
①结缔组织纤维蛋白样变性：是由于免疫复合物及纤维蛋白构成的嗜酸性物质，沉积于结缔组织所致。
②结缔组织的基质发生黏液性水肿，见于疾病的早期。
③坏死性血管炎：中、小血管壁的结缔组织发生纤维蛋白样变性，甚至坏死、血栓形成，引起出血和缺血等病变。
受损器官的特征性组织病理改变，也有3类：
①苏木素小体：是各种组织病理学上可找到与狼疮细胞类似的所谓苏木素小体，由于细胞核受抗体作用变性为嗜酸性团块（细胞核经过变性后的残余物)，被染成紫色的无定型物体，可见于所有受损的炎症区。
②洋葱皮样病变：小动脉周围有显着的向心性纤维组织增生，尤以脾脏中央动脉为明显，心肌、肺、神经系统等器官均可出现上述基本组织病理改变。
③疣状心内膜炎：心脏瓣膜的结缔组织反复发生纤维蛋白样变性，而形成赘生物。
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