生殖器疱疹的发病机制一般可以分为以下3个环节：
入侵与复制
单纯疱疹病毒通过皮肤裂口或口咽、宫颈、结膜等易感黏膜进入体内，并在表皮或真皮细胞内复制，从而引起细胞的气球样变和局灶性坏死、单核巨细胞的形成以及嗜酸性核内包涵体的产生。
初期的浸润细胞主要为多形核白细胞，随后出现淋巴细胞浸润。当病毒复制受到抑制时，损害会出现上皮再生。
上行神经节潜伏
初次感染的同时，单纯疱疹病毒沿着周围感觉神经上行，并进入感觉或自主神经根的神经节，在其中主要分离出单纯疱疹病毒2型。单纯疱疹病毒感染某些神经细胞并导致细胞死亡，但同时病毒基因在细胞内却处于抑制状态，这种状态被称为潜伏，不管初次感染有无症状，均可产生潜伏性感染。
激活与复发
病毒的基因能被激活，恢复病毒的表达、复制和释放。
病毒从神经细胞中释放并到达表皮细胞，导致单纯疱疹复发，这一过程被称为再活化。其具体机制学界多认同神经节触发假说，即激素、免疫或物理刺激影响宿主神经节细胞与病毒之间的相互作用使病毒粒子沿着周围神经下行，感染表皮细胞及形成特征性的皮损，从而导致感染复发。
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