血栓性血小板减少性紫癜是一种罕见的血液疾病，临床诊断时应注意与下列疾病鉴别：
原发性血小板减少性紫癜
原发性血小板减少性紫癜是一种自身免疫性疾病，是由于体内产生抗血小板抗体，使血小板破坏过多，血小板计数减少，引起紫癜。临床以齿龈出血、鼻腔出血、皮肤出血点或瘀斑、消化道出血为主要表现。但无溶血现象。而血栓性血小板减少性紫癜有发热、溶血及精神症状，严重者可出现五联征。
弥散性血管内凝血
弥漫性血管内凝血与血栓性血小板减少性紫癜在临床表现以及实验室检查方面有相似之处。两者都可有溶血性贫血、紫癜、血小板减少。但弥漫性血管内凝血的凝血功能正常，纤溶活性亢进，纤维蛋白降解产物偏高；无严重的溶血及一过性多变神经症状。
伊文综合征
伊文综合征虽然有血小板计数减少，临床有出血现象，并且有溶血，但无神经系统症状，在外周血中也无破碎红细胞。与血栓性血小板减少性紫癜相似之处是两者都可并发有红斑狼疮。
溶血性尿毒综合征
溶血性尿毒综合征多发生在10岁以下的儿童，尤其在乳儿期，肾脏损害症状明，预后较好；血栓性血小板减少性紫癜多发生在年长儿及成年人，临床以精神症状明显，肾功能衰竭者少见，预后较差。
系统性红斑狼疮
系统性红斑狼疮有关节症状、肾损害、神经症状，并有溶血性贫血、皮肤损害、LE细胞阳性、外周血中无畸形和碎裂红细胞，不难与血栓性血小板减少性紫癜鉴别。
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