难治性重症肌无力是指一般的手术治疗和药物治疗都不能够达到有效治疗。重症肌无力的治疗一般包括激素、免疫抑制剂和胸腺切除术，如患者符合条件，通常应先行胸腺切除术，疗效不佳或不符合手术条件者行药物治疗。
药物治疗无效或需要较大剂量方能控制病情患者患者即考虑为难治性重症肌无力正常剂量的药物对难治性重症肌无力患者基本无效，大剂量治疗又会引起严重不良反应或并发症，治疗用药很难决策。临床一般根据患者并发症和不良反应出现情况，以及患者意愿选择治疗药物。
①硫唑嘌呤：4～12个月才能出现疗效，最大效应需6～24个月，需长期免疫治疗者与激素合用，保持硫唑嘌呤的剂量不变并逐步减少激素剂量。
②环孢素：治疗难治性重症肌无力证据可靠，但因其不良反应较严重，即使在正常剂量范围内也较容易发生肾功能异常和高血压，而仅用于硫唑嘌呤无效或不能耐受者。
③霉酚酸酯：器官移植后的常用药物，初步研究发现对重症肌无力疗效较好，除胃肠道不适外其他不良反应较少，亦可用于硫唑嘌呤无效或不能耐受者患者。
④环磷酰胺：疗效较好，但由于不良反应较多，主要不良反应包括骨髓抑制、肝功能异常、机会性感染以及闭经等，而仅用于不能耐受激素或对激素加硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、环孢素或霉酚酸酯无效的患者。
⑤他克莫司：疗效较好且起效较快，主要不良反应是高血糖和肾功能异常，可用于其他药物控制不良的患者。
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