生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)侵犯生殖器部位皮肤和黏膜引起的炎症性、复发性的性传播疾病，复发率较高，临床症状、体征与以下疾病有类似之处，需要进行鉴别：
1、硬下疳
梅毒硬下疳是由梅毒螺旋体所产生的一种传染性疾病，呈单发性硬结或溃疡，溃疡比生殖器疱疹深，基底呈软骨样硬度，无自觉疼痛及触痛，显微镜检查可见大量活动的梅毒螺旋体。
2、软下疳
软下疳是由杜克雷嗜血杆菌引起的疼痛性、溃疡性的性传播疾病，初起为炎性小丘疹，约24～48小时后迅速形成脓疱，3～5天后破溃形成溃疡，境界清楚，呈圆形或椭圆形，边缘为锯齿状，溃疡底部有黄色猪油样脓苔，剥去脓苔可见出血，最突出的特点为溃疡疼痛剧烈。通过病原体分离法可辅助鉴别。
3、白塞氏病
白塞氏病除表现为生殖器溃疡外，口腔溃疡、眼炎及皮肤损害均为其突出表现，故白塞氏病又称为口-眼-生殖器综合征。
其中，口腔溃疡多为本病的首发症状，一般与性接触无关。
4、急性女阴疼痛
多与性接触无关，常见于小阴唇的内侧和前庭，表现为大小不一、数目不等的溃疡，可单独存在也可融合成较大溃疡，呈圆形或椭圆形，深浅不一，边缘不整，表面有脓性分泌物，自觉剧痛
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