依据病史、临床表现和实验室检查结果不难诊断生殖器疱疹，临床诊断只能发现HSV-2感染者的20%左右，许多HSV感染者缺乏典型的疼痛性多发性小水疱和溃疡性皮损，故实验室检查颇为重要。
生殖器疱疹需要与以下疾病相鉴别：
①生殖器部位固定性药疹：可引起水疱、糜烂及结痂；有药物过敏史，水疱不成簇，病损消退后有明显的色素沉着，查不到HSV。
②白塞病：常有口腔和生殖器溃疡、皮肤结节性红斑、毛囊炎损害及眼部病变，生殖器溃疡大而深，持续时间长；HSV检查阴性；皮肤病理提示血管性病变。
②生殖器部位接触性皮炎：也可引起水疱、糜烂及结痂，有接触过敏史。炎症超过水疱及糜烂的范围，查不到HSV。
④外伤性生殖器溃疡：一般不是多发的，不成簇，边缘清楚，查不到HSV。
⑤其他：须与生殖器部位带状疱疹、脓皮病、Crohn病和念珠菌病等进行鉴别。
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