生殖器疱疹应同以下几种疾病相鉴别：
(1)龟头包皮炎：潮红、糜烂，但很少出现水疱，可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物
依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
(2)一期梅毒(硬下疳)：一期梅毒有生殖器糜烂，但在暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应阳性。
(3)淋病：也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
(4)固定红斑性药疹：常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿、破溃、糜烂，有复发，要仔细地询问病史。
(5)生殖器部位接触性皮炎：生殖器部位接触性皮炎可引起水疱、糜烂及结痂，但有接触过敏史者炎症超过水疱及糜烂的范围。
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