生殖器疱疹的诊断有三个方面：①病史：有非婚性接触史或配偶感染史。②临床特征：生殖器或肛门部位有初次发生或反复发生的疼痛性的集簇性水疱及溃疡。③实验室检查：具备以下3项条件中的任何1项可证实：分离培养出HSV;检测出HSV抗原;Tzanck涂片查见多核巨细胞及细胞核内病毒包涵体。
诊断生殖器疱疹时还要注意与以下疾病鉴别诊断：
1.硬下疳多为单个圆形溃疡，周边稍隆起、质硬、无疼痛，无痛性腹股沟巴结肿大，暗视野显微镜检查可见梅毒螺旋体，梅毒血清学试验多阳性。
2.软下疳溃疡较深，边缘不整齐，表面分泌物多，周围可有卫星状病变，常伴化脓性腹股沟淋巴结炎，涂片显微镜检查和细菌培养可检出杜克雷嗜血杆菌。
3.贝赫切特综合征生殖器溃疡大而深，持续时间长，可伴皮肤结节性红斑、毛囊炎，常伴眼色素膜炎和头痛、头晕、精神异常等中枢神经系统症状。
4.其他皮肤病生殖器部位的带状疱疹、接触性皮炎、固定性药疹、脓皮病、Reiter病、念珠菌等皮肤病，皮损有时与生殖器疱疹相似，可从病史、体格检查和实验室检查等方面来加以鉴别。
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