由于生殖器疱疹与龟头炎均发生于生殖器部位，故易引起混淆，具体区别如下：
1、生殖器疱疹
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)侵犯生殖器部位的皮肤、黏膜引起的炎症性、复发性的疾病，与性接触相关。
根据抗原性的差别将HSV分为1型和2型。原发感染患者在生殖器部位可见粟粒大丘疹、水疱，可彼此融合成片，2～4天后破溃成为糜烂或溃疡，自觉灼痒、疼痛。发病1周内不时有新皮疹出现，7～10天时达高峰，之后逐渐消退结痂，一般需18～21天皮损完全消退。
2、龟头炎
可因各种病原体(如念珠菌、阿米巴原虫、滴虫等等)感染、或局部刺激等因素引起。
急性浅表性龟头炎：初起局部潮红、阴茎皮肤发红、肿胀、龟头有灼热和瘙痒，可见充血糜烂，渗液或出血，继发感染后见小溃疡及乳白色恶臭分泌物。
白色念珠菌性龟头炎：可见红斑，表面光滑并有小疱疹，边缘较清楚，急性发作时有糜烂和渗液。
滴虫性龟头炎：丘疹和红斑逐渐扩大，边缘清楚，红斑上可见针头大小的小水疱，最后形成糜烂面。
环状溃烂性龟头炎：包皮上可见红斑，逐渐扩大呈环状，形成溃疡面。
通过相关实验室检查如镜检、染色检查以及分离培养等等可辅助诊断。
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