生殖器疱疹与性病性淋巴肉芽肿均为性传播疾病，容易混淆，其相关鉴别包括如下：
1、病因不同
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒侵犯生殖器部位皮肤和黏膜引起的炎症性、复发性的性传播疾病，可分为1型和2型，1型主要由口唇病灶获得，2型可从生殖器病灶分离到。
性病性淋巴肉芽肿又名第四性病，是第一代性病之一，最近其病原体被认为是沙眼衣原体，主要通过性接触传播。
2、症状表现有差别
原发感染生殖器疱疹患者生殖器部位可出现多数粟粒大丘疹、水疱，可彼此融合成片，2～4天后破溃成为糜烂或溃疡，自觉灼痒、疼痛。发病1周内不时有新皮疹出现，7～10天时达高峰，之后逐渐消退结痂，一般需18～21天皮损完全消退，潜伏期3～14天。
性病性淋巴肉芽肿潜伏期7～10日，早期表现为生殖器水疱、糜烂、溃疡，1～4周后可见腹股沟淋巴结肿大，男性有“槽沟征”，多数瘘管似“喷水壶状”，愈后有瘢痕。
女性可发生直肠周围炎，晚期出现象皮肿及直肠狭窄患者可有寒战、高热及关节痛等全身症状。
3、辅助检查协助诊断
病理检查、组织培养、细胞学检查等可协助诊断。
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