尽管西地那非被认为是治疗阳痿首选的口服药物，但临床应用时仍需注意以下几点：
1.由于西地那非使用方便，效果良好，某些患者就有可能倾向于单纯寻求药物治疗而不重视阳痿病因的诊治，故在使用西地那非之前，仍建议患者去详细检查，结合病史、体格检查和相关实验室检查，以做出明确的诊断，患者应了解与重视糖尿病、高血压、动脉硬化、酗酒、吸烟等相关治疗的重要性。
2.由于性生活与心脏病发作危险性有一定程度的关联，在对阳痿患者使用西地那非前，应考虑这一因素，至今已有在服用西地那非期间死亡的病例，尽管多数学者认为这与西地那非关系不大，但经验告诫，对心脏病、出凝血障碍、活动性溃疡、视网膜炎等患者要慎重使用。此外服用任何剂型的有机硝酸盐药物的阳痿患者禁忌使用西地那非。
3.在使用剂量上，临床研究使用从1.25mg到200mg不等，随着剂量的增加，副作用的出现率也在增大，目前认为性生活前1小时使用25mg~100mg大多数是有效的，每日用药不超过1次，剂量要个体化。
4.西地那非并不是对所有阳痿患者均有效，无效的原因可能是没有足够的性刺激，高脂饮食或酒精会影响药物效果。对于因激素水平异常、与性伴侣关系不佳而导致的西地那非无效，建议先采取教育指导后再服用西地那非治疗。
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