据报告，1.5%～10.7%的扁平苔藓患者有阳性家族史者，其中姐妹同患病的比例较多，也有单卵双胞胎发病的患者，Gibstine报告了一对单卵双生姐妹在一周内相继发生扁平苔癣的事例。
虽然对人类白细胞抗原(HLA)与扁平苔癣发生的关系尚有争议，但是大多数研究发现扁平苔癣与HLA抗原的位点相关，据报导相关位点有HIA-A3、As、B7、B8、、A28、B16、BW35、DRI、DQI等抗原阳性频率显著高于正常人。
最近Nasa等应用血清学方法和聚合酶链式反应(PCR)技术对105例扁平苔癣患者进行了HLA位点的分析，未发现继发性和黏膜型原发性扁平苔癣与HLA抗原位点有关联，而在原发性皮肤型、皮肤黏膜混合型扁平苔癣中HLA-DRl和DQl出现频率显著增高，HLA-DQ3显著降低。在有HLA-DRl抗原位点的皮肤型原发性扁平苔癣中，78.5%的患者有DRB10101等位基因，21.4%患者有DRB10102等位基因。而对照组则分别为35.7%和67.8%，两者之间有显著性差异。
所以有关学者认为皮肤型原发性扁平苔癣的发病与遗传因素有关。有几项研究显示扁平苔癣患者糖耐量降低，推测部分扁平苔癣病人与糖耐量降低有关，可能是遗传素质相关性的结果。
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