慢性附睾炎可由于急性附睾炎未彻底治愈而迁延，也可以无急性期，是长期轻度感染所导致。有些患者可继发于慢性细菌性前列腺炎，致病菌和感染途径与急性附睾炎相似。
诊断慢性附睾炎应与附睾结核、精液囊肿、阴囊内丝虫病、附睾肿瘤相鉴别。
1.附睾结核：附睾结核患者表现为附睾硬结、疼痛。病人多有泌尿系结核病史，其输精管增粗、变硬，呈串珠样改变。附睾结节则多位于尾部，质硬、不规则，有时还与阴囊皮肤粘连、溃破并形成流脓窦道。分泌物镜检可找到抗酸杆菌。
2.精液囊肿：精液囊肿患者也表现为附睾有结节，但结节多位于附睾头部，表面光滑，无压痛，B超可见附睾头部有囊性占位。
3.阴囊内丝虫病：阴囊内丝虫病患者表现为附睾结节伴阴囊疼痛，但患者有丝虫感染史，阴囊内结节常有数个，多在精索下端及附睾头部，夜间采血可查到微丝蚴。
4.附睾肿瘤：附睾肿瘤患者也表现为附睾肿块，有时可出现阴囊胀痛，但肿块多位于附睾尾部，表面不光滑，界限不清，质地坚硬。
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