自身免疫性肝炎患者中可测到多种自身抗体，如抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗肝-肾微粒抗体、唾液酸糖蛋白受体抗体、抗可溶性肝抗原抗体等，其测定对于自身免疫性肝炎的诊断、临床分型具有至关重要的作用。
（1）抗核抗体：抗核抗体不具有特异性，主要在DNA和组蛋白中检出，可与多种重组核抗原起反应，是肝细胞损伤的标志，9%~14%的自身免疫性肝炎患者中抗核抗体阳性。
（2）抗平滑肌抗体：抗平滑肌抗体是1型自身免疫性肝炎最主要的抗体，经常与抗核抗体同时存在，仅有26%的患者抗平滑肌抗体单独存在。
（3）抗肝-肾微粒体抗体（LKM）：抗LKM有三种亚型，抗LKM1阳性且滴度较高的患者大多为年轻的女性，抗-LKM2对替尼酸有特异性，抗-LKM3主要见于丁型肝炎病毒感染的患者。
（4）唾液酸糖蛋白受体抗体：88%的患者自身免疫性肝炎患者有唾液酸糖蛋白受体抗体阳性，与炎症的活动程度密切相关，一般经过免疫抑制剂治疗后有效的患者唾液酸糖蛋白受体抗体减少。
（5）抗可溶性肝抗原抗体：可溶性肝抗原可能是肝细胞胞质的成分，肝脏炎症活动度的下降的患者抗可溶性肝抗原抗体滴度随之下降。
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