黄色肉芽肿性肾盂肾炎是一种特殊的肾盂肾炎类型，临床上较为少见。
病理学检查是诊断黄色肉芽肿性肾盂肾炎最有效的方法之一，其病理学特征如下。
1、肉芽肿样结构。黄色肉芽肿性肾盂肾炎的肉芽肿常由泡沫样巨噬细胞、组织细胞、多核巨细胞和其他炎性细胞等构成。
2、黄色瘤细胞。单核细胞进入组织后成为巨噬细胞，巨噬细胞吞噬类脂小滴后变为泡沫样，形成特征性的黄色瘤细胞，该细胞核较小且一致，多偏位，胞质丰富，呈透明或半透明的泡沫样。
3、纤维结缔组织增生。间质纤维组织、纤维母细胞增生，肾小球纤维化也是本病的一个组织学特征，此为机体受损伤后出现的修复性病理改变。
在病理学上黄色肉芽肿性肾盂肾炎需与肾结核、肾透明细胞癌等疾病鉴别。结核结节、干酪样坏死和朗罕巨细胞为肾结核镜下较具特征性的变化。
肾透明细胞癌细胞形态单一，呈巢索状或片块状排列，为腺样结构，细胞异型性明显，可见明显病理性核分裂像，常有出血、坏死灶。黄色肉芽肿性肾盂肾炎细胞多样，以特征性的黄色瘤细胞为主，细胞无异型性，无病理性核分裂像。
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