生殖器疱疹引起不孕不育的原因有很多，因为单纯疱疹病毒感染给女性带来的伤害是多方面的，而且几乎都能够影响到女性的正常受孕过程，导致不孕不育的发生。
感染初期患者的生殖器部位出现红斑、丘疹、小水疱或脓疱，不久便会发生糜烂或溃疡，病变局部瘙痒、疼痛，严重感染时还会出现全身症状，如发热、肌肉疼痛等。得了生殖器疱疹后，部分患者还可能出现排尿困难和阴道分泌物增多上述症状都妨碍正常的性生活，使性生活次数减少，失去精卵结合的机遇。而且女性生殖器疱疹患者即使有性生活，被感染的阴道、宫颈、子宫内环境也会受影响，不利于精子的活动，使进入阴道的精子失去正常的活力，精子进入子宫与输卵管的能力、速度都会受到影响，干扰女性受孕。
另外由于单纯疱疹病毒的感染，子宫内环境也会大打折扣，不利于受精卵在子宫内种植，就算能种植也无法避免病毒的侵袭，很容易导致胎儿死亡或流产。
单纯疱疹病毒会破坏男性精子细胞的正常分裂，使精子畸形率增加。患有生殖器疱疹的男性，其精液中畸形精子比例增加，不利于与卵子结合，导致不育。
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