生殖器疱疹是单纯疱疹病毒感染所致的性传播疾病，病毒的性质导致疾病很难彻底根治，而且有复发的危险。
单纯疱疹病毒是一种嗜神经性双链DNA病毒，其自内向外依次由中心核、核壳体、被膜、包膜所构成。只有完整包膜的病毒体才具有充分的感染性，所以病毒的感染性可迅速被有机溶剂、净化剂、蛋白分解酶、热、紫外线、干燥、强酸或强碱等破坏。
其包膜糖蛋白具有抗原性，并能引起中和抗体和细胞介导的免疫反应。
单纯疱疹病毒侵入人体后，将其DNA整合到宿主神经元细胞的DNA上，使其合成病毒所需的DNA和蛋白质，然后组装成病毒体，最后释放。这就是病毒具有终身持续感染能力的根本原因。当人体免疫功能正常时，病毒常以无症状的潜伏感染形式存在于其初始感染部位的神经元细胞内。当人体受到各种刺激，如创伤、情绪紧张、发热、月经等，导致免疫力下降，就能激活潜伏的病毒，使生殖器疱疹复发。
单纯疱疹病毒感染通常是细胞溶解性的，导致受感染细胞坏死并产生局部炎症。当病毒通过皮肤表面的小裂隙或小伤口进入表皮内时，病毒在局部角质层复制，在此阶段损害表现为丘疹。
由于感染和更多上皮细胞的变性和水肿液体的汇集，皮肤上的丘疹很快变成表皮内水泡，在真皮层出现毛细血管扩张和炎性细胞浸润，炎性细胞很快侵入水泡，使泡液变浑浊并形成脓疱疱液随后被吸收结痂，最后形成无瘢痕性愈合。
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