许多中、晚期帕金森患者都不可避免地出现药物疗效减退、症状波动和异动症等严重并发症，调整药量或药物种类也很难改善，多需要选择外科治疗。
1、毁损手术
毁损靶点为丘脑的Vim核、苍白球腹后内侧核和丘脑底核。毁损手术后，患者常有吞咽障碍、语言功能丧失和平衡功能障碍等严重不良反应，且远期疗效较差，故目前临床已较少使用。
2、深部脑刺激
脑起搏器植入是目前较常用的治疗帕金森的外科方法，通过立体定向手术在脑内某一特殊位置植入微电极，达到改善患者震颤、起步困难、步僵、异动症、痛性痉挛等症状的目的。可能机制：①脑起搏器刺激了局部抑制性神经递质的释放；②去极化阻滞，提高了兴奋性电位的阈值；③调节神经元活性，纠正基底节环路神经元的异常兴奋和不规律放电。
3、神经干细胞移植
目前该方法还处于动物实验阶段，还需要相当长的一段时间才能用于临床治疗。
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