先天性脊柱侧凸患者常从小就出现症状，其伴随的并发症较为严重，对患者造成很大损伤。
1.泌尿生殖系统异常：为最常见的并发症，常合并肾脏功能异常及畸形。泌尿系统包括输尿管、膀胱、阴茎、阴囊、尿道、睾丸等，累及不同的部位有不同的症状。
如输尿管梗阻，常发生于肾盂和输尿管的连接处，引起尿潴留；膀胱外翻，是一种极为严重的畸形，膀胱腔显露在耻骨联合上方，并见尿液从输尿管开口处滴出；交叉移位融合肾，表现为两个肾实质位于脊柱一侧，其中一根输尿管越过中线，在对侧进入膀胱。
2.先天性心脏病：患儿往往发育不正常，表现为瘦弱、营养不良、发育迟缓等；可出现杵状指（趾）和发绀现象，以鼻尖、口唇和指（趾）甲床最明显。患儿活动后，可出现心跳加快、呼吸深快等表现。
3.脊髓异常：不少患者合并有脊髓异常，以脊髓纵裂和脊髓栓系综合征常见。脊髓纵裂多在5岁前发病，患者出现步态不稳、背痛、下肢神经根性痛、腱反射减低等症状；脊髓栓系综合征的患者可出现疼痛，表现为难以描述的疼痛和不适，但常无皮肤节段分布的特点，可因久坐或身体向前弯曲而加重；运动障碍，主要表现为下肢进行性无力和行走困难；皮肤感觉麻木或感觉减退等表现。
4.其他并发症：如半骶骨或全骶骨发育不全，肛门闭锁等。
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