中医认为复发性生殖器疱疹的发作是因肾气不足，湿毒邪气未能清尽所致，即湿热久积而耗损肾阳，机体阴阳失调，导致疾病复发。
因而在对该病的治疗上，中医主张以补肾为主，祛湿解毒为辅。
可用方药六味地黄丸加减，包括生熟地各10g，茯苓15g，山药15g，山茱萸肉10g，泽泻10g，枸杞10g，板蓝根10g，丹皮10g。其中生熟地可滋补肾阴；茯苓、丹皮和泽泻在补中有泻；山药、山茱萸肉与枸杞能滋肝并补脾肾。
表现为疱疹渗液，发作不愈，且咽唇干燥，烦躁易热者，可应用2种中成药：
1.大补阴丸。用温开水或淡盐水送服，每次9g，每日2-3次。
2.知柏地黄丸。应空腹服用，温开水送服，每次9g，每日2次。
中医临床上还常用几种中药外治方以及外洗方，来减轻患者的疼痛症状，并与内服方剂等内治方法相结合，以提高治疗效果。
1.取新鲜半边莲适量，洗净捣烂后敷在患处，并覆盖纱布，每日换药1-2次。
2.取青黛散适量，用香油调和后涂于患处，每日换药1次。
3.取黄柏30g，马齿苋30g，野菊花30g，煎汤至200ml左右。用于外洗，每日2次，每次洗敷15分钟。
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