急性肾盂肾炎患者多由于尿路感染引起，其主要细菌为格兰阴性菌，其中以大肠杆菌为主。因此，急性肾盂肾炎患者的治疗应以抗感染治疗为主。
初发急性肾盂肾炎患者抗感染药物的选择：可选用复方磺胺甲恶唑，每次2片，每日2次，或吡哌酸0.5克，每日3次~4次，诺氟沙星每次0.2克，每日3次，疗程7天~14天，感染严重有败血症者宜静脉给药。
可根据尿培养结果选用敏感药物：急性肾盂肾炎的抗感染治疗还可根据患者尿培养结果选用敏感药物，如头孢哌酮，阿米卡星毒素等，对葡萄球菌、克雷伯菌、变形杆菌，绿脓杆菌、大肠杆菌的敏感率均在90%以上。头孢哌酮每次1克~2克，每8小时~12小时1次，阿米卡星毒素每次0.4克，每8小时~12小时1次。氟喹诺酮类药物对变形杆菌、枸橼酸杆菌及克雷伯菌敏感率在80%以上。哌拉西林、氨苄西林、呋啁妥因对D群肠球菌100%敏感。
急性肾盂肾炎的疗程为两周，疗程结束后每周复查尿常规及细菌培养，共2到3次，六周后再复查一次，均为阴性者方可认为治愈，阳性则继续用药。
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