口腔溃疡主要发生于口腔黏膜组织，其致病因素目前尚未完全明确，除了与饮食不合理、生活不规律等外界因素，人体免疫异常也可能诱发口腔溃疡。
1、细胞免疫异常：复发性口腔溃疡前驱期病损区有大量的T淋巴细胞浸润，T辅助细胞占多数，溃疡期T毒性细胞为主，愈合期又恢复到T辅助细胞为主。
2、体液免疫异常：体液免疫是通过B淋巴细胞产生的特异性免疫球蛋白实现，复发性口腔溃疡切片标本的棘细胞胞浆中存在自身抗原，但未能在口腔上皮中是否有抗原性结构改变尚未证实。
3、自身免疫异常：复发性口腔溃疡患者自身免疫常出现异常，口腔黏膜中存在抗体，血清中循环复合物、依赖抗体的杀伤细胞以及棘细胞胞浆中也可发现自身抗体。
4、免疫功能低下：据研究发现，免疫功能低下的复发性口腔溃疡患者淋巴细胞对刀豆蛋白、胸腺病毒等刺激的反应在溃疡各个阶段都比正常人低下。
5、免疫缺陷：存在免疫缺陷的患者更易感染或复发口腔溃疡，且更为严重，如艾滋病感染的复发性口腔溃疡患者病情往往较重。
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