红斑狼疮应与其他结缔组织病，细菌或病毒感染性疾病，恶性网状内皮细胞增多症，血小板减少症，溶血性贫血，各种类型的肾脏病，肝炎，神经系统疾病相鉴别。
尤其需与类狼疮综合征、新生儿红斑狼疮综合征鉴别。
1.类狼疮综合征：本综合征可见类似系统性红斑狼疮的一些症状、体征，及实验室检查结果，有时难以区别。以下一些情况有助于鉴别：服用有关药物史，性别差异不明显，临床症状轻，内脏受累，肾脏病变，蝶形红斑、口腔溃疡、脱发，以及白细胞、血小板减少，低补体血症均少见，抗Sm抗体和抗n-DNA抗体阴性。最主要的特点是停药后临床症状和实验室征象消失，再用药时复现。
2.新生儿红斑狼疮综合征：本病见于6个月以下婴儿。患儿母亲中多数患系统性红斑狼疮或其他结缔组织病。
患儿生后即有症状，主要表现为先天性传导阻滞、狼疮样皮炎、自身溶血性贫血。此外常伴先天性心脏病，各种缺损及心内膜弹力纤维增生症，白细胞及血小板减少。皮损的典型表现为鳞屑状和环形红斑，见于暴露部，即头顶、颈及眼睑处，似为盘状红斑。
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