生殖器疱疹为病毒感染性疾病，在治疗上以抗病毒治疗为主，抗病毒药物种类繁多，以下几种为目前应用较为广泛的可治疗生殖器疱疹的抗病毒药物。
1.阿昔洛韦
阿昔洛韦为一种合成的嘌呤核苷类似物，主要用于单纯疱疹病毒所致的各种感染。阿昔洛韦体外对单纯性疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒、巨细胞病毒等具抑制作用。用法：生殖器疱疹初治口服200mg，一日5次，共10日；或口服400mg，一日3次，共5日；对复发性感染者，可每8小时口服200mg，共6个月，必要时剂量可加至每日5次，每次200mg，共6个月。
2.膦甲酸钠
膦甲酸钠为人工合成的抗病毒药，可抑制病毒DNA聚合酶，抑制疱疹病毒的复制，也可抑制逆转录病毒、艾滋病病毒等。用法：免疫功能损害患者耐阿昔洛韦单纯疱疹病毒性皮肤粘膜感染。推荐剂量为40mg/kg，每8或12小时一次，静滴时间不得小于1小时，连用2～3周或直至治愈。
3.干扰素
干扰素是一种广谱抗病毒剂，其抗病毒活性不是杀灭而是抑制病毒，它一般为广谱病毒抑制剂，对RNA和DNA病毒都有抑制作用。当病毒感染的恢复期可见干扰素的存在，另一方面用外源性干扰素亦可缓解感染。用法：干扰素适用于生殖器疱疹反复发作且合并感染者，一般剂量多用一次1×106～3×106单位，皮下注射或肌注，每周3次，可连用数月或更长。
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