慢性咽炎的病因复杂多变，有研究表明以下因素与其慢性咽炎的发病关系密切。
1.咽部周围长期存在炎症：如咽部急性咽炎反复发作，慢性鼻炎、鼻窦炎，慢性扁桃体炎，牙周炎、龋病、慢性支气管炎、支气管扩张等，这些疾病会使咽部周围组织发生炎症，若不能及时治愈，炎症可蔓延至咽部，引起慢性咽炎。
2.烟酒过度、用嗓过度、粉尘及有害气体刺激：这些因素不仅可直接刺激咽部组织，使咽部黏膜受损。其中酒精除了可直接损伤咽部黏膜外，酒精中毒，还会严重影响营养物质的消化与吸收，特别是脂溶性、水溶性维生素及微量元素，降低了人体的免疫力，咽部若发生感染，炎症不易消退，导致慢性咽炎。
3.便秘：有研究表明便秘者易发生慢性咽炎，可能与便秘导致毒素在体内积聚，使机体免疫力下降有关。因此便秘者应该调整饮食结构，多吃水果、蔬菜，少食高脂肪、高能量的食物，特别是高聚糖含量的食物，如韭菜、大蒜、芦笋、香蕉，以调节胃肠菌群平衡，增加胃肠功能，养成大便的良好习惯，加强体育锻炼，使便秘症状得到改善。
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