临床上，胰腺癌容易与胃部疾病、黄疸型肝炎、胆石症、等疾病相混淆，应注意鉴别。
1、各种慢性胃部疾病
胰腺癌患者与胃部疾病患者都可能出现腹部疼痛症状，但后者的腹痛多与饮食有关，利用X线钡餐检查及纤维胃镜检查不难作出鉴别。
2、黄疸型肝炎
在初发时二者容易混淆，但黄疸型肝炎有接触史，且动态观察黄疸初起时血清转氨酶增高，黄疸多在2～3周后逐渐消退，血清碱性磷酸酶多不高。
3、胆石症、胆囊炎
与胰腺癌相比较，胆石症与胆囊炎所引起的腹痛呈阵发性绞痛，急性发作时常有发热和白细胞增高，无明显体重减轻。
4、原发性肝癌
原发性肝癌患者常有肝炎或肝硬化病史，血清甲胎蛋白阳性，先有肝肿大，黄疸多在后期出现，且腹痛不因体位改变而变化，通过超声和放射性核素扫描可进行鉴别。
5、急慢性胰腺炎
急性胰腺炎患者多有暴饮暴食史，病情发作急骤，血白细胞，血尿淀粉酶升高但需要注意的是胰腺深部癌压迫胰管也可以引起胰腺周围组织的慢性炎症，有些患者经各种检查有时也难鉴别，此时可在剖腹探查手术中用极细穿刺针作胰腺穿刺活检以助鉴别。
6、壶腹周围癌
壶腹周围癌比胰头癌少见，病起多骤然，也会出现黄疸，消瘦，皮痒，消化道出血等症状，而壶腹癌开始为息肉样突起，癌本身质地软而有弹性，故引起的黄疸常呈波动性。两者鉴别比较困难，常需要结合超声和CT来提高确诊率。
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