作为皮肤癌中较为常见的一种，基底细胞癌可以根据癌细胞的分化程度而分为分化型与未分化型两大类。另外，根据镜下病理表现，又可将分化型又可分为角化型、囊肿型、腺样型以及纤维上皮瘤型4种。
角化型
角化型基底细胞癌除了在镜下可观察到未分化癌细胞外，还可见角化不全细胞和角质囊肿。角质囊肿代表倾向于形成毛干，角化不全细胞可排列成束状或涡形或围绕角质囊肿，可能是初期毛发角化细胞。
囊肿型
囊肿型基底细胞癌在镜下见癌细胞团中央出现囊腔，其形成途径一般是大片癌细胞坏死；癌细胞向皮脂腺细胞分化后崩解，囊腔周围的一些癌细胞呈空泡状或泡沫样伸入瘤实质内的间质坏死。
腺样型
腺样型基底细胞癌在镜下可见肿瘤呈管样或腺样结构。癌细胞排列成互相吻合的条索间为岛屿状结缔组织肿瘤中所见管腔，其腔壁细胞呈立方形似腺上皮细胞但无分泌活动。
小汗腺上皮瘤系腺样基底细胞癌的一种向导管方向分化颇似汗管瘤，但肿瘤体积较大，并向深部侵袭。
纤维上皮瘤型
纤维上皮瘤型基底细胞癌在镜下可见癌细胞排列成细长分支的束条状，互相吻合，交织成网，结缔组织基质增生。
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