根据导致不孕症的疾病，手术治疗不孕不育有很多种方法，常见的方法有6种。
1垂体肿瘤：部分垂体肿瘤可用手术治疗，如垂体微腺瘤可用伽马刀治疗，但如肿瘤压迫某些重要部位，则不一定能够手术治疗。
2卵巢病变：卵巢良性肿瘤可考虑部分保留卵巢，卵巢囊肿可手术剥离囊肿或经皮穿刺治疗，多囊卵巢综合征如药物治疗无效，考虑行卵巢楔形切除术或在腹腔镜下对多囊卵巢用电凝或激光技术穿刺打孔。
3输卵管病变：输卵管阻塞选择输卵管通液术、介入治疗、腹腔镜、剖腹手术治疗。介入治疗对于输卵管近端闭塞的患者效果较好，再通率达85%左右，而对于输卵管积水、盆腔粘连造成的阻塞效果欠佳。腹腔镜手术可分离盆腔粘连。国内有条件的大医院已开展显微外科输卵管重建术。
4子宫病变：子宫肌瘤导致的不孕不育可行肌瘤剔除术和介入治疗以保留子宫，子宫内膜异位症可通过腹腔镜治疗，宫腔粘连常通过宫腔镜分离，纵隔子宫通过手术亦可进行矫正。
5宫颈病变：宫颈炎可采取理疗，如电烙术、火烫术、微波治疗、LEEP术等，宫颈功能不全在怀孕后期可缝合宫颈，待到分娩前再拆除缝线。对于宫颈息肉，摘除即可。
6阴道病变：阴道横膈、阴道纵隔、处女膜闭锁都可行手术矫正。
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