引起生殖器疱疹的病毒叫单纯疱疹病毒(HSV)。疱疹病毒是一类有包膜、结构复杂的DNA病毒，直径为150-200nm，有一个75nm直径的双链核心，衣壳为20面体，由162个病毒衣壳组成，外有含脂质的包膜。
该病毒可分为1型(HSV-I)、Ⅱ型(HSV-2)两个血清学亚型，二者的抗原性亚型的区别可以糖蛋白gG-1与gG-2来鉴别。HSV-1通过呼吸道、皮肤和黏膜密切接触传染，主要引起口唇、咽、眼及皮肤感染，少数(约10%)亦可引起生殖器感染。HSV-2则是生殖器疱疹的主要病原体(约占90%)，存在于皮肤和黏膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液、宫颈、阴道分泌液中，主要通过性接触传染，引起原发性生殖器疱疹。原发性生殖器疱疹消退后，残存的病毒经周围神经沿神经轴长期潜存于骶神经节，当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下，可使体内潜伏的病毒启动而复发。
人类是疱疹病毒的唯一宿主，紫外线、乙醚及一般消毒剂均可使之灭活。单纯疱疹病毒离开人体不能长期存活，因此，必须依靠人体的直接接触传播。病毒可以经皮肤破损处或黏膜侵入人体，先在入口的地方生长繁殖，然后通过血行播散。Ⅱ型病毒容易侵犯15-30岁性活跃期的青年人，两性关系混乱者发病率高。除有症状的患者外，有些带毒者可无症状，但也可以传染给别人。特别是卖淫的妓女或暗娼，带毒率(Ⅱ型)可达70%以上。
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