生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的。单纯疱疹病毒(HSV)呈20面体，由脱氧核糖核酸(DNA)基因组、蛋白质外壳及脂膜组成。病毒基因组编码约50种病毒特异性蛋白质，其中5～6种病毒特异性糖蛋白出现在病毒及其感染的细胞表面，这些糖蛋白在中和抗体的诱导及细胞融合的调节中起着重要作用。此外，病毒基因组尚可编码许多非构造蛋白质，如病毒胸苷激酶、DNA聚合酶、核苷酸还原酶及碱性脱氧核糖核酸酶，其在病毒DNA复制中有重要作用。
单纯疱疹病毒一般分为两个亚型，即Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV-1)与Ⅱ型单纯疱疹病毒（HSV-2），两者的基因组中，约50%的核苷酸序列是同源的。两种病毒亚型感染的临床表现很难区别。但是，疾病的复发率和感染部位与病毒亚型相关。
单纯疱疹病毒可在毛巾、马桶座圈或柜台表面上存活达30分钟，但接触这些物品并不发生HSV感染。病毒亦可在水中或潮湿的表面短期存活，但水中的卤化物能使其迅速丧失传染力。HSV对热、干燥、紫外线较敏感，50℃湿热或90℃干燥环境下30分钟即可使其灭活；对紫外线的半数致死期为5～7秒钟，一般消毒剂也可使之灭活；但在50％甘油中4～8℃其可保存6个月，冻干后可保存数年。
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