生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。主要需要与硬下疳、软下疳、急性女阴溃疡等鉴别：
(1)硬下疳：常为单个硬性溃疡，无疼痛，基底呈软骨样硬度，边缘整齐，不反复发作，梅毒淋巴结炎坚硬肿大，无波动，无破溃，通过溃疡取材暗视野检查和血清学试验可以证实。
(2)软下疳：一般在性接触后4～5天发病，也有的潜伏期达10天以上。初发皮疹为小的炎性丘疹，周围绕以鲜红斑。1～2天后迅速变为小脓疱，2～5天内破溃形成边界清楚、边缘不整齐的溃疡，2～20毫米大小。溃疡可在1～2个月内愈合，残留瘢痕。杜克雷杆菌阳性。
(3)急性女阴溃疡：本病可发生于年轻未婚女性，无性病接触史，起病突然，开始为外阴部溃疡，好发于大、小阴唇的内侧和前庭的粘膜，有的口腔也可发生溃疡。
溃疡从米粒大到1～2厘米不等，常伴有不同程度的全身症状，病程一般3～4周。轻者溃疡浅表，数目少，但可反复发作。重者溃疡数量一般不多，但病变犬而深，四周水肿明显，中心坏死显着，愈合后留有明显的瘢痕。治疗无特效方法。
此外，尚需与生殖器部位的皮肤病如接触性皮炎、带状疱疹、白塞病，脓疱病等鉴别，可根据病史、体征及相关的实验室检查做出明确诊断。
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