1.食管炎及食管上皮细胞重度增生：有学者认为食管上皮细胞重度增生是食管癌的癌前期病变。这类患者常有类似早期食管癌的症状，X线检查常无异常发现，可以通过食管拉网细胞学检查，内镜染色及内镜超声检查进行鉴别，但常需定期复查。
2.食管功能(运动)失常：如食管痉挛、神经性吞咽困难、食管贲门失弛缓症等，尤其是贲门失弛缓症有时可伴有贲门部腺癌，患者表现为吞咽困难，X线片上表现食管体部无收缩和蠕动、食管黏膜光滑、贲门部呈“鸟嘴”样狭窄，其发作常为间歇性，病程较长，症状进展缓慢。
3.食管外压性改变：食管邻近的血管先天性异常、主动脉瘤、胸内甲状腺、纵隔肿瘤、纵隔淋巴结肿大、主动脉弓纤曲延长等，患者虽有吞咽困难，但食管黏膜完好，仔细检查不难与食管癌相鉴别。
4.食管良性狭窄和食管憩室：食管良性狭窄多为化学性灼伤的后遗症，也可能是食管炎所引起的瘢痕狭窄。
5.食管良性肿瘤：食管良性肿瘤以平滑肌瘤最常见，可发生于食管的任何部位，多见于下段食管，中段次之，上段最少。由于它是黏膜外肿瘤，发展缓慢，病程较长，症状较轻，有时可无自觉症状。
X线片上可见一光滑的半月形充盈缺损，结膜完整，钡剂通过顺利，肿瘤上端食管无扩张。内镜检查可见食管腔内有隆起性肿物，表面黏膜有色泽改变，但黏膜光整无糜烂和溃疡，内镜通过时有滑动感。内镜超声检查表现为境界清晰、外形光滑、轮廓规整的低回声声像，并可辨别属于何层。
6.其他恶性肿瘤：如癌肉瘤、肉瘤(包括纤维肉瘤、横纹肌肉瘤、平滑肌肉瘤)、恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、雀麦细胞癌等，其临床表现、X线检查所见及内镜检查所见极似食管癌，最后诊断均需经组织病理学诊断证实。
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