发生于颈胸段上皮细胞的食道癌中大约有2/3为鳞状细胞癌。如今腺癌较过去更为多见，占胸段食管恶性肿瘤的第2位，它通常起源于化生的巴雷特食管黏膜，现在的统计占外科手术切除的全部胸内食管恶性肿瘤的1/3。诊断食管的“原发性”腺癌纯粹代表起源于巴雷特黏膜的肿瘤的进展期，良性的巴雷特黏膜完全被恶性的退变所取代。
贲门癌几乎占了食管和食管胃交界处的恶性病变的一半
大多数食管腺肿瘤在显微镜下观察与起源于唾液腺的肿瘤相似。它们被认为起源于食管黏膜下腺体的导管。偶尔，腺癌可发生于组织学证实为鳞癌分化者，被称之为腺鳞癌。腺肉瘤和假性肉瘤是少见病变，通常在食管腔内呈粗大的息肉样生长。该两者均为缓慢生长的肿瘤，应进行手术治疗。
肉瘤占全部食管恶性肿瘤的1%以下，包括组织学诊断的纤维肉瘤、平滑肌肉瘤和横纹肌肉瘤。较罕见的侵犯食管的肿瘤中，原发性黑素瘤最常见。
疣样鳞状细胞癌是另一种罕见肿瘤，其无痛之生物学行为使之可能被治愈。小细胞癌亦可发生于食管，它被认为是一种起源于表面上皮嗜银细胞的真正的胺前体摄取脱羧细胞瘤。这些肿瘤体积大并具梗阻性，常发生于下段食管。小细胞癌是高度恶性的病变，未有5年生存者的报道。
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