再生障碍性贫血的主要发病环节是细胞免疫异常，主要是T细胞功能亢进引起的造血组织损伤，造血微环境与造血干细胞量的改变是异常免疫损伤所致，是一种自身免疫性疾病。
这有别于传统观念认为再障为物理、化学或生物因素引起的造血组织“种子/虫子/土壤”异常、造血功能衰竭综合征。
1.异常免疫反应损伤造血干／祖细胞各种致病因素引起：①树突状细胞（DCl）活化，患者免疫耐受打破；②免疫激活：CD4+和CD8+T细胞都被激活，T细胞在抗原刺激下克隆性增殖，T细胞亚群失衡，Th：细胞增多、Th1/Th2比值增高，从而导致异常的T淋巴细胞可直接抑制骨髓细胞的生长；或分泌多种造血负调控因子，如IL-2、肿瘤坏死因子α、γ-干扰素可抑制造血干/祖细胞造血；上调Fas途径及穿孔素途径的凋亡，使骨髓CD34+细胞大量凋亡导致造血功能衰竭。强化免疫抑制治疗对再障的显著疗效也成为其佐证。
2.造血干细胞减少或缺陷再障患者骨髓CD34+细胞明显减少；骨髓中粒-单核细胞集落生成单位（CFU-GM）、红细胞集落生成单位（CFU-E）、巨核细胞集落生成单位（CFU-Meg）都减少。
3.造血微环境的缺陷再障患者骨髓活检示造血细胞减少，骨髓脂肪化，静脉窦壁水肿、出血、毛细血管坏死；部分AA骨髓基质细胞体外培养生长情况差；骨髓基质细胞受损的AA做造血干细胞移植不易成功。
总之，获得性再障是遗传易感性和环墙田委托阔辆庙哟结果..免疫异常是致病的共同途径，主要是免疫耐受被打破，T细胞通过细胞毒性及其释放的抑制性因子，直接抑制造血或经凋亡导致骨髓衰竭。
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