再生障碍性贫血的主要发病机制包括造血干细胞减少或有缺陷，造血微环境的缺陷，免疫异常等。各种致病因素作用于骨髓可以直接作用于造血干细胞，也可由于影响造血微环境而损伤造血干细胞，或者综合影响各种因素同时导致疾病。
造血干细胞缺乏或存在缺陷是再生障碍性贫血的主要发病机制，至少有一半以上的患者是由于造血干细胞缺乏而发生再生障碍性贫血的。患者骨髓祖细胞体外培养后显示各类造血干细胞均显着减少。这类患者在进行骨髓抑制成功后，正常的造血功能会很快恢复，者也说明了再生障碍性贫血的发病机制与造血干细胞缺乏或有缺陷密切相关。
造血微环境包括骨髓组织中支持造血的结构成分和造血的调节因素，当这些因素出现缺陷后造血细胞不能得到这些具有支持作用的基质细胞的滋养，也缺乏细胞间的调节作用，导致造血细胞功能异常而导致再生障碍性贫血。
免疫异常多见于自身免疫病导致的再生障碍性贫血，是其发病的重要机制。免疫介导的干细胞破坏对再生障碍性贫血的发生和发展起着重要的作用。
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