生殖器疱疹可呈慢性经过，目前尚无可根治的良药，但是坚持治疗是必要的。
(1)急性发作时可出现疼痛性的水疱、溃疡，部分患者甚至疼痛非常剧烈，尤其伴有HIV感染的患者及其他原因导致免疫力下降的人群，疱疹发病时往往面积很大，疼痛剧烈，因此，急性期的抗病毒治疗，能减轻患者痛苦，是非常必要的。
(2)对于频繁反复发作的患者，则给予病毒抑制疗法治疗后，明显减少病情的复发，减少无症状排毒，减少性伴的感染。
(3)复发性生殖器疱疹所致的小溃疡是感染HIV及其他性病的重要危险因素，治疗后减少其复发次数及出现溃疡机会，可以明显减少感染其他疾病的机会。
(4)复发性生殖器疱疹患者往往精神压力很大，工作和生活都受到影响，药物治疗可以减少其复发，减轻患者的精神压力，从一定程度上缓解患者焦虑的心情。
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