目前尚没有“根治”生殖器疱疹的方法，中医药没有明确证据能根治本病，西药也只能控制发作，静脉输液的治疗效果与口服抗病毒药物治疗效果一样，都不能根治本病。
所以目前有的医药广告上声称能根治本病的宣传都不可信，夸大其词。为避免复发，首先要避免诱因，潜伏的病毒在受到一些外在因素的影响而复活，复发的诱因很多。比如，频繁的性交、劳累、感冒、发热、酗酒、情绪紧张等。其次对于复发频繁的患者，可以用长期抑制治疗，即采用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等药物，以较小的剂量，持续用药，需要半年到1年，甚至更长。应在医师指导下，视患者心理状况、疾病是否复发等考虑是否停药。在服药期间，疾病基本上不会复发，但停药后可能还会复发。笔者曾遇到连续服用了一两年，服药期间不犯，但停药后又复发的病例。这类药物安全性很好，长期用药不会对身体产生不利影响，也不必担心病毒会发生耐药。对于有复发前驱症状的患者，即复发前数小生耐药。对于有复发前驱症状的患者，即复发前数小时至数天内在生殖器或肛门部位出现
瘙痒、烧灼感、刺痛、会阴坠胀感等不适，可以在皮肤损害还没有出来之前加大服药剂量，同时外搽干扰素凝胶，每2小时一次，这样可能使复发抑制在萌芽阶段。庆幸的是，随着时间的推移，生殖器疱疹的复发一般逐渐减少，患者可不必终生与抗病毒药物为伍。
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