单纯疱疹病毒具有在神经节或神经根中形成潜伏的特点，潜伏感染是生殖器疱疹复发的根本原因。单纯疱疹病毒逃避宿主防御，形成潜伏感染的机制主要有：a.单纯疱疹病毒可在细胞间传播而不需要进入细胞外环境。b.可在神经节细胞发生潜伏性感染。c.可逃避宿主的自然防御系统，即巨噬细胞，自然杀伤细胞及干扰素的吞噬和杀伤。单纯疱疹病毒之所以能在神经节或神经根中形成潜伏感染，是因为神经细胞中缺乏一种单纯疱疹病毒在繁殖过程中必需的特异性转录酶，于是潜伏病毒以一种休眠状态存在于宿主细胞染色体外或融合于宿主DNA中。一旦病人受了诱因的刺激，神经细胞便会形成该转录酶，激活潜伏的病毒，重新复制活跃起来，且沿着受累神经下行，返回经常受累部位的皮肤黏膜引起皮损的复发。
潜伏病毒能在任何时候被激活并进入复制循环。引起复发的诱因有多种多样，已观察到与之有关的诱因，包括发热、日晒、损伤、月经、情绪激动、手术等刺激。但有些病人往往找不到复发的诱因。机体免疫力低下、缺陷及人类免疫缺陷病毒感染可引起生殖器疱疹频繁复发。
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