有些甲亢患者，在甲亢还没有控制之前，或者在服用抗甲状腺药物治疗期间，出现关节疼痛。这种疼痛可以发生在单个关节，也可以是几个大小关节都受影响。由于甲亢对于身体的影响是多方面的，其中也包括骨骼系统，如可以有骨质疏松、增生性的骨膜下骨炎等骨骼系统的病变，因此导致患者出现关节疼痛这时应该积极进行原发病的治疗，当甲亢控制后，对骨骼系统的影响减轻，关节疼痛也会逐渐的缓解。
而也有极少数患者的关节疼痛有可能是抗甲状腺药物的不良反应引起的，这在减少或停止使用这种抗甲状腺药物以后，关节疼痛就能自然好转。还有的患者出现关节疼痛的原因，则可能是同时伴随有风湿性或类风湿性
关节炎、肩关节周围炎等骨骼系统疾病。尚有丙硫氧嘧啶（PTU）可引起自身免疫性血管炎，也可导致关节炎，应注意鉴别。一般来说，甲亢患者出现关节疼痛，应立即就医，进行适当的检查，以明确引起的原因，及时处理。
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