生殖器疱疹主要是通过性接触传染的，所以生殖器疱疹的传染源就是患者及带病毒者，尤其是在患者的生殖器皮肤或黏膜的疱疹内含有单纯疱疹病毒，可通过性接触而传染给配偶或其他性伴，也可在同性恋者中互相传染。在口腔或口腔周围患有疱疹的人，可通过口腔-生殖器性交，使对方感染生殖器疱疹。
由于有感染性的病毒能在潮湿的环境中存活数小时，因而单纯疱疹也可通过污染物而间接传播。因为生殖器疱疹在潜伏中也有传染性，所以会在不知不觉中成为疱疹的传播者和受害者。疱疹病毒在潜伏期时存在于脊髓的神经中，生理上并不会有任何症状，但是此时病毒已具有传染性了。而疱疹病毒发作后，会有刺痛、灼热感、皮肤溃烂等症状出现，在美国，平均有四分之一的人有性器官疱疹病毒潜伏在体内，其中只有五分之一的人知道自己已经患了疱疹。不过由于在潜伏期是没有任何症状的，所以这些患者在不知道自己已经感染了疱疹病毒的情况下，经由性接触时体液的交换将疱疹传染给别人。对成人来说，生殖器疱疹的危害不大，可是患有疱疹的孕妇却可能在分娩的过程中把病毒传染给新生儿，而伤害新生儿的脑部，严童的还会夺走婴儿的生命。
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