虽然自闭症的病因还不完全清楚，但目前的研究表明，某些危险因素可能同自闭症的发病相关。引起自闭症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。
目前较流行的看法是，主要是脑生物学上的因素导致认知和情感上的障碍。那么，自闭症为何难治?
1、紧张的家庭气氛：据统计，目前儿童患自闭症的人数是以往的3.5倍左右，这与家长工作紧张、无暇陪伴孩子或对孩子表现得急躁、缺乏耐心有关。儿童自闭症过去的发病率为千分之二左右，现在为千分之七左右。患自闭症的儿童多有语言障碍、多动、不合群等。
2、神经递质因素：儿童的行为与神经递质密切相关，研究调查中显示中枢神经系统5羟色胺和多巴胺活性下降是导致自闭症的关键性因素。
神经递质的异常会使自闭症患儿表现出孤独以及和周围人建立不起来和谐的关系。自闭症患儿会存在语言和认知上的障碍，极力避免与人的视线接触。
3、脑伤：包括在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成大脑发育不全，生产过程中早产、难产、新生儿脑伤，以及婴儿感染脑炎、脑膜炎等疾病造成脑部伤害等因素，都是自闭症的病因。
4、环境和信息污染：在一系列被称为“现代病”的名单中，自闭症位居前列，造成儿童自闭症的原因之一就是环境和信息污染。人类被信息包围、淹没，造成一部分人在潜意识里对信息的排斥和对人际交流的厌倦，从而“影射”到了后代身上，而社会竞争的加剧、生存压力的加大，导致家庭没有亲情爱意，也是自闭症的一大诱因。
5、免疫功能异常：人体免疫功能是十分重要的组成部分，孩子在受到损伤时，具有免疫功能的淋巴细胞数量会减少，抵抗感染的功能也会下降。据研究调查表明自闭症患儿的身体免疫力普遍低于正常的同龄儿童，体质较差。
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