食道闭锁需要通过手术重建食道连续性，治疗方法主要有食道吻合术、胃造瘘术、结肠代食道术、术后肠内营养支持、长期随访监测等。
适用于食道两端距离较近的病例，通过开胸或胸腔镜手术将闭锁段切除后直接吻合食道。手术需在新生儿期进行，术后可能出现吻合口瘘或狭窄等并发症。术中需注意保护迷走神经，术后需留置胃管减压。
对于食道缺损较长的病例，需先行胃造瘘维持营养摄入。通过手术在腹壁建立胃部开口，术后可通过造瘘管进行喂养。该术式为过渡性治疗，待患儿生长后可能需二次手术重建食道。
当食道缺损超过3厘米时，可采用结肠段移植重建食道。选取横结肠或升结肠经胸骨后或皮下隧道上提，与颈段食道及胃分别吻合。术后需密切监测移植肠管血运，可能出现移植肠管坏死或吻合口漏。
术后早期需通过静脉营养维持，逐步过渡至经口喂养。喂养时需保持半卧位，选择稠厚食物减少误吸风险。定期监测体重增长曲线，必要时补充维生素及微量元素。喂养困难者可长期保留胃造瘘管。
术后需定期进行食道造影及内镜检查，评估吻合口通畅度。出现吞咽困难或反复呼吸道感染时，需考虑食道扩张治疗。随访内容包括生长发育评估、肺功能检查及胃食管反流监测，部分患儿需终身随访。
食道闭锁患儿术后需特别注意喂养姿势，进食时应保持30度以上半卧位，餐后维持直立位30分钟。食物应选择糊状或泥状，避免坚硬及大块食物。日常需预防呼吸道感染，出现呛咳或呼吸困难需及时就医。定期进行吞咽功能训练，部分患儿需接受语言治疗师指导。家长应记录喂养情况及生长曲线，按时完成疫苗接种计划。
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