漱口水可以杀死部分口腔细菌，但无法彻底清除所有细菌。口腔细菌的清除效果主要取决于漱口水的成分、使用频率、口腔卫生习惯、细菌种类以及口腔环境等因素。
漱口水中的抗菌成分如氯己定、聚维酮碘等能有效减少口腔内细菌数量，特别是对引起牙龈炎、口臭的厌氧菌效果显著。日常使用含氟漱口水还可帮助预防龋齿，但需注意部分漱口水可能破坏口腔菌群平衡。对于牙菌斑等顽固性细菌聚集物，漱口水仅能起到辅助作用，机械清洁仍是关键。
某些药用漱口水在牙周炎急性期或口腔手术后能针对性杀灭致病菌，但长期使用可能导致口腔黏膜刺激或味觉改变。儿童、孕妇等特殊人群需谨慎选择无酒精配方的漱口水。漱口水无法替代刷牙和牙线清洁，对隐藏在牙缝、窝沟的细菌作用有限。
建议将漱口水作为口腔护理的辅助手段，配合巴氏刷牙法及牙线使用。选择漱口水时应注意查看成分表，避免含酒精产品刺激口腔黏膜。使用后30分钟内避免进食以保持效果，出现口腔刺痛或灼烧感应立即停用。定期口腔检查结合专业洁牙才能实现更全面的细菌控制。
