克罗恩病病人准备怀孕时，最好选择在克罗恩病的缓解期。与药物的副作用相比，克罗恩病的影响更大。所以，为了维持缓解，必要的药物还是可以使用的。
如何掌握各种治疗克罗恩病的药物对孕妇和胎儿的影响呢?美国食品药物安全局(FDA)将所有药物对生育的影响分为A、B、C、D和X五个等级。AB级相对安全，CD级是对怀孕有影响，而X级是绝对禁用的。
A级药物：经过实验而且证实对怀孕的前三个月均为安全的药物。
B级药物：在怀孕期用过，没有显示出引起发育缺陷或其它问题。
C级药物：有警示，可能引起胎儿或孕妇的问题。
D级药物：明显对健康有害，但效果大于风险。
X级药物：可引起生育缺陷，明确不能用于怀孕期。
如想怀孕生生孩子，肯定不能使用X级药物。C级和D级要极为小心使用。后面表分别列出了治疗克罗恩病常用药物的分级与近年来的研究结论。需要注意的是，自2008年3月以来，FDA对新出现的药物不再使用这一分级系统。可能会有更详细的信息出台。目前，临床医生们仍沿用这一分级方案指导病人用药。
因为生育是十分重要的个人问题，影响生育的因素有很多。准备生育的克罗恩病人应多与经治医生甚至是产科医生进行讨论，详细制定怀孕前用药与怀孕期间的用药。
目前更多的用药指导是针对女性怀孕，其实受孕前，男性克罗恩病用药亦需注意。准备要孩子的前三个月就不能再服用氨甲蝶呤了。因为柳氮磺吡啶会减少精子的数量，进而引起不育。因此可切换至其它5-ASA药物。但这要与经治医生一些讨论。
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