反流物吸入气道时可出现呛咳、窒息、气管炎、支气管炎、哮喘样发作(刺激性支气管痉挛);反流物进入肺内，可引起吸入性肺炎、肺不张、肺化脓症和肺间质性纤维化等。
反流性食管炎导致呛咳的症状并非独有，许多疾病也有类似症状，应注意与以下疾病鉴别。
1、内镜阴性的胃食管反流病：两组的临床症状相似，病理检查可有炎性改变，鉴别诊断需行内镜检查，本病内镜检查无食管粘膜破损。
2、食管癌：临床表现与反流性食管炎相似。其区别在：①发病年龄通常在50岁以上(高发区在40岁以上);②咽下困难呈进行，伴咽下疼痛;多数患者可以明确指出病变部位，且与实际部位相符;③食物反流是食管反流.反流物非酸性，含粘液;有时呈血性，混有隔日宿食，甚至可见坏死脱落组织块;④晚期出现全身消耗和扩散、转移等临床表现;⑤X线、内镜检查和病理可以确诊。
3、消化性溃疡：临床表现有上腹痛、腹胀、嗳气、反酸。
与反流性食管炎的鉴别点在于：①消化性溃疡呈反复发作的慢性病程;②消化性溃疡发作呈周期性，多在冬春和秋冬季节发病;③消化性溃疡症状呈节律性。十二指肠溃疡呈空腹痛、夜间痛，胃溃疡呈餐后痛;④内镜检查可见溃疡，X线下可见“龛影”。
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