现在治疗肛瘘比较好的治疗手段是手术治疗，且手术的成功率也跟高，只要找到找到并正确的处理内口，同时术后的创面引流通畅也是伤口愈合的必要保证。
同时在术后保持适当的运动也是可以增加治愈的步伐。
患者在手术过程中，绝大部分病变、坏死组织已在术中切除，但有时由于病变部位过高，一时难以全部切除，或由于术中创面出血较多，较难处理，需要手术以后通过每天换药得到治疗。
个别的空腔弯曲，或成弧形，换药难度较大;如在肛管直肠环处挂线，由于橡皮筋阻挡影响，一般引流欠畅，需特别注意。患者术后遵医嘱早期下床活动，有利引流通畅，使创面早日愈合。因此，手术当天患者应卧床休息，但术后24小时后应尽可能鼓励病人下床走动，尤其是大小便一定要动员病人走到厕所，尽可能自行解决。
每次换药以后或饭后，如身体情况允许，疼痛尚可忍受，应鼓励病人在室内多走动，即使躺在床上也应经常变换体位，一方面可使创口内分泌物及时外流，保持通畅，另一方面也可促进胃肠功能的尽快恢复，增加饮食的摄入量，保证大便的通畅;还可促进机体及肛门直肠局部血液循环的加强，防止局部组织水肿，促使创面尽快愈合。
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